Das heutige Gymnasium Dreikönigschule ging 1992 im Zuge der sächsischen Schulreform aus der 22. Polytechnischen Oberschule Dresden hervor.
Das Schulgebäude selbst ist 1894 als 22. Bezirksschule errichtet worden und hatte die Luftangriffe vom 13. Februar 1945 relativ unbeschadet überstanden. Kurz nach der Gründung der Schule 1992, zunächst noch unter dem Namen Gymnasium Dresden-Neustadt, wurde das Gebäude innen saniert, erhielt neue Sanitäreinrichtungen und eine moderne Heizanlage.
Da bereits bei der Eröffnung 1992 die Räume für ein dreizügiges Gymnasium nicht ausreichten und die Schülerzahlen rasch zunahmen, wurden 1996 die Häuser der ehemaligen 13. Mittelschule und des ehemaligen St.-Benno-Gymnasiums, die um den gemeinsamen Schulhof lagen, angegliedert. Seitdem verfügt die Schule über sehr gute räumliche Voraussetzungen.
1999 richtete die Landeshauptstadt im Gebäude der 59. Grundschule, Kurparkstraße, am "Weißen Adler", eine zweizügige Außenstelle der Dreikönigschule ein, um vor allem SchülerInnen aus Weißig und des Schönfelder Oberlandes eine gymnasiale Schulausbildung in zumutbarer Entfernung zum Wohnort zu ermöglichen.
Am 31.Oktober 1997 erhielt das Gymnasium Dresden-Neustadt durch die Altschülerschaft der ehemaligen Dreikönigschule den Namen dieses einst berühmten sächsischen Gymnasiums verliehen.
Das Gymnasium Dreikönigschule, das bereits um 1407 in Altendresden entstanden war, hatte seinen Namen erst anläßlich der Einweihung eines neuen Schulgebäudes 1891 erhalten. Der Bezug zu den "Heiligen Drei Königen", auch die "Drei Weisen" genannt, war damals wohl bewusst im Sinne der Symbolik von Aufbruch, Entdeckung, Suche nach dem Ursprung des Lichts als Schulname gewählt worden und spiegelte eher den Bildungsaspekt als die traditionelle Nähe zur gleichnamigen Kirche der Landeshauptstadt wieder, mit der sich jedoch eine noch aus dem Mittelalter stammende freundschaftliche Beziehung verband. Im ersten Drittel des 20. Jahrhunderts hatte sich das Realgymnasium, später erstes sächsisches Reformrealgymnasium, Dreikönigschule Dresden, zu einem der modernsten und bekanntesten Gymnasien Deutschlands entwickelt.
Die alte Dreikönigschule, an der Wasserstraße (heute Wigardstraße) gelegen, brannte in der Bombennacht des 13. Februar 1945 völlig aus, Schüler und Lehrer waren schon 1944 in die damalige Oberschule Dresden-Nord (heute Gymnasium Romain Rolland) verlagert worden.
Bis 1947 wurde die Dreikönigschule endgültig aufgelöst. In der kommunistischen DDR gab es keine Gymnasien mehr, eine fast fünfhundertjährige Schultradition war beseitigt worden.
Wir betrachten es nach mehr als 50 Jahren Zwangspause als eine Herausforderung und als eine wichtige historische Verpflichtung, diese bedeutende Schultradition fortzusetzen und zu bewahren, indem wir ein weiteres neues Kapitel "Schulgeschichte" anfügen.